В Центе функционируют  4  отделения: отделение приема несовершеннолетних, отделение социальной реабилитации, отделение раннего развития и образовательное отделение «Росток».

Специалистами приемного отделения осуществляется первичный медицинский осмотр и первичная санитарная обработка несовершеннолетних, в случае необходимости – проведение доврачебного осмотра и организация медицинского обследования.

Специалисты отделения изучают особенности личностного развития и поведения детей, разрабатывают индивидуальные программы реабилитации, осуществляют мероприятия по первичной психологической помощи.

Основным направлением деятельности отделения социальной реабилитации является организация поэтапного выполнения индивидуальных программ социальной реабилитации несовершеннолетних, обеспечивающих восстановление утраченных контактов с семьей.

Отделение раннего развития предназначено для содействия оптимальному развитию и формированию психического здоровья и благополучия детей раннего и дошкольного возраста с ограничениями жизнедеятельности и риском появления таких ограничений, нормализации жизни семьи, повышению компетентности родителей, включению ребенка в среду сверстников и жизнь сообщества.
Образовательное отделение «Росток» осуществляет образовательную деятельность по образовательным программам, реализация которых не является основной целью его деятельности: дополнительные общеобразовательные программы.